期内自行离职，是否合法？

公司扣除40%工资可能不合法。依据《劳动法》，劳动者付出劳动后有权获得报酬，自动离职也应支付工资，扣减需基于合法规章制度或劳动合同约定。若无法律依据，公司擅自扣除，将损害劳动者合法权益，可能引发劳动争议。
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公司扣工资不合法。应对方式：1.与公司协商，要求合理解释扣款原因，并提供扣款依据；2.若协商无果，收集证据（如工资条、劳动合同等），向劳动监察部门投诉；3.仍无法解决，可申请劳动仲裁，提交相关证据，维护自身权益。
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处理方式有协商、投诉、仲裁等。应先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁。选择时，考虑效率与成本，协商最快，仲裁具有法律效力。